Казанский (Приволжский) федеральный университет, КФУ
КАЗАНСКИЙ
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
 
RSS Ins Вконтакте twitter facebook
СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ
Форма представленияСтатьи в российских журналах и сборниках
Год публикации2008
Языкрусский
  • Изотова Екатерина Дмитриевна, автор
  • Библиографическое описание на языке оригинала Акберова Н.И. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ/ Д.И. Алишева, Е.Д. Изотова, Д.С. Тарасов//УЧЕНЫЕ ЗАПИСКИ КАЗАНСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА.- 2008.- Т. 150.- кн. 2.- С. 71-81.
    Аннотация Целью данной работы было сравнение различных схем расчетов дальних электро- статических взаимодействий на примере средней биологической системы для вычисле- ний на графических акселераторах. Парные методы сравнивались с методами, исполь- зуемыми для расчета на CPU: метод PME и метод с использованием радиуса обрезания потенциала. За эталонный метод был принят PME. В качестве модельной системы был взят мутантный белок 4SER. Было проведено моделирование молекулярной динамики с различными схемами расчета электростатических взаимодействий. Оценивались структурные параметры (среднее квадратичное отклонение, радиус гирации, поверх- ность доступная растворителю) для целой системы, площадь полости активного цен- тра. Наилучшие результаты для мутанта 4SER показали парный метод с использовани- ем радиуса обрезания потенциала 8 Å и переключающей функцией. Для активного цен- тра наилучшие результаты показал парный метод расчета электростатических взаимо- действий, основанный на суммации Вульфа с ра
    Ключевые слова графические акселераторы, парные методы расчета электроста- тических взаимодействий, катепсин L.
    Название журнала Ученые записки Казанского государственного университета Серия: Естественные науки
    Пожалуйста, используйте этот идентификатор, чтобы цитировать или ссылаться на эту карточку https://repository.kpfu.ru/?p_id=124880
    Файлы ресурса 
    Название файла Размер (Мб) Формат  
    64419076_kfu_2008.pdf 0,55 pdf посмотреть / скачать

    Полная запись метаданных