| Форма представления | Статьи в российских журналах и сборниках |
| Год публикации | 2008 |
| Язык | русский |
|
Изотова Екатерина Дмитриевна, автор
|
| Библиографическое описание на языке оригинала |
Акберова Н.И. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА
ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ/ Д.И. Алишева, Е.Д. Изотова, Д.С. Тарасов//УЧЕНЫЕ ЗАПИСКИ КАЗАНСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА.- 2008.- Т. 150.- кн. 2.- С. 71-81. |
| Аннотация |
Целью данной работы было сравнение различных схем расчетов дальних электро-
статических взаимодействий на примере средней биологической системы для вычисле-
ний на графических акселераторах. Парные методы сравнивались с методами, исполь-
зуемыми для расчета на CPU: метод PME и метод с использованием радиуса обрезания
потенциала. За эталонный метод был принят PME. В качестве модельной системы был
взят мутантный белок 4SER. Было проведено моделирование молекулярной динамики
с различными схемами расчета электростатических взаимодействий. Оценивались
структурные параметры (среднее квадратичное отклонение, радиус гирации, поверх-
ность доступная растворителю) для целой системы, площадь полости активного цен-
тра. Наилучшие результаты для мутанта 4SER показали парный метод с использовани-
ем радиуса обрезания потенциала 8 Å и переключающей функцией. Для активного цен-
тра наилучшие результаты показал парный метод расчета электростатических взаимо-
действий, основанный на суммации Вульфа с ра |
| Ключевые слова |
графические акселераторы, парные методы расчета электроста-
тических взаимодействий, катепсин L. |
| Название журнала |
Ученые записки Казанского государственного университета Серия: Естественные науки
|
| Пожалуйста, используйте этот идентификатор, чтобы цитировать или ссылаться на эту карточку |
https://repository.kpfu.ru/?p_id=124880 |
| Файлы ресурса | |
|
|
Полная запись метаданных  |
| Поле DC |
Значение |
Язык |
| dc.contributor.author |
Изотова Екатерина Дмитриевна |
ru_RU |
| dc.date.accessioned |
2008-01-01T00:00:00Z |
ru_RU |
| dc.date.available |
2008-01-01T00:00:00Z |
ru_RU |
| dc.date.issued |
2008 |
ru_RU |
| dc.identifier.citation |
Акберова Н.И. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА
ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ/ Д.И. Алишева, Е.Д. Изотова, Д.С. Тарасов//УЧЕНЫЕ ЗАПИСКИ КАЗАНСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА.- 2008.- Т. 150.- кн. 2.- С. 71-81. |
ru_RU |
| dc.identifier.uri |
https://repository.kpfu.ru/?p_id=124880 |
ru_RU |
| dc.description.abstract |
Ученые записки Казанского государственного университета Серия: Естественные науки |
ru_RU |
| dc.description.abstract |
Целью данной работы было сравнение различных схем расчетов дальних электро-
статических взаимодействий на примере средней биологической системы для вычисле-
ний на графических акселераторах. Парные методы сравнивались с методами, исполь-
зуемыми для расчета на CPU: метод PME и метод с использованием радиуса обрезания
потенциала. За эталонный метод был принят PME. В качестве модельной системы был
взят мутантный белок 4SER. Было проведено моделирование молекулярной динамики
с различными схемами расчета электростатических взаимодействий. Оценивались
структурные параметры (среднее квадратичное отклонение, радиус гирации, поверх-
ность доступная растворителю) для целой системы, площадь полости активного цен-
тра. Наилучшие результаты для мутанта 4SER показали парный метод с использовани-
ем радиуса обрезания потенциала 8 Å и переключающей функцией. Для активного цен-
тра наилучшие результаты показал парный метод расчета электростатических взаимо-
действий, основанный на суммации Вульфа с ра |
ru_RU |
| dc.language.iso |
ru |
ru_RU |
| dc.subject |
графические акселераторы |
ru_RU |
| dc.subject |
парные методы расчета электроста-
тических взаимодействий |
ru_RU |
| dc.subject |
катепсин L. |
ru_RU |
| dc.title |
СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА
ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
В АЛГОРИТМАХ ДЛЯ ГРАФИЧЕСКИХ АКСЕЛЕРАТОРОВ |
ru_RU |
| dc.type |
Статьи в российских журналах и сборниках |
ru_RU |
|
EN 
中文 
ES 
Карта сайта
